Analiza pełnych genomów sporadycznego stwardnienia zanikowego bocznego ad 5

Zamówione w rankingu SNP z obu platform są wymienione w Tabeli 2 w Uzupełniającym Załączniku i Tabeli 3 w Dodatkowym Dodatku. Walidacja znaczących powiązań
Poszczególne dane genotypowe dla SNP typu 768 w serii replikacji wykazały znaczące ogólne powiązanie 66 SNP z sporadycznym ALS, reprezentujących 51 unikalnych loci (Tabela 1). Liczne loci miały znaczące związki dla obu SNP znaczników, sugerując, że błąd w genotypowaniu nie przyczynił się do fałszywych pozytywnych skojarzeń. Spośród 51 loci 28 jest wewnątrzgenowych lub w przybliżeniu 50 kb powyżej lub poniżej genów opatrzonych adnotacją. Pozostałe 23 loci nie są powiązane ze znanym genem w obrębie 50 kb powyżej lub poniżej SNP. Spośród 28 przypisanych genów 9 ma funkcje związane z regulacją cytoszkieletu lub rozwojem neurologicznym, co sugeruje, że różnice w tych procesach leżą u podstaw predyspozycji do sporadycznego ALS.
Nie znaleźliśmy również stratyfikacji populacji w serii replikacji 2 (ryc. 2 w dodatkowym dodatku). Najbardziej znaczącą wartość P dla każdego locus, SNP z serii replikacji 2 związanej z tą wartością P i pozycję chromosomu tego SNP w locus wymieniono w Tabeli 1. Wyniki pokazują, że istnieje 10 loci znacząco związanych z sporadycznym ALS. wśród białych członków wszystkich trzech niezależnych serii. Dodatkowe 41 loci są znacząco związane w białych w dwóch z trzech serii.
Stwierdzono, że FLJ10986 jest genem najbardziej istotnie związanym ze sporadycznym ALS, bez szczególnego związku z żadną kliniczną podklasą (patrz poniżej), co sugeruje, że jest to wczesny i powszechny gen predyspozycji do choroby, niezależny od przebiegu klinicznego. Istnieje inna struktura bloków haplotypowych między białymi i osobami innych przodków w serii replikacji, o czym świadczą wartości P dla SNP FLS10986 rs6700125, które są takie same zarówno dla białych pacjentów, jak i przypadkowych pacjentów (87 Latynosów, 35 czarnych, 8 Azjatów, 3 amerykańskich Indian, 3 Pacyfiku i 192, dla których nieznana jest grupa etniczna). Przeciwnie, drugi SNP w tym genie, rs6690993, który jest silnie sprzężony z rs6700125 (r2> 0.8) i jest istotnie związany z chorobą (P = 3,0 × 10-4) wśród białych w serii replikacji 1, nie jest związany z chorobą (P = 0,11) w grupie pacjentów, którzy nie byli przypadkowi w serii replikacji (Tabela 1). Wskazuje to na różnicę w częstotliwości alleli i strukturze bloków haplotypowych pomiędzy dwiema grupami i podkreśla mądrość użycia więcej niż jednego SNP na locus, dopóki baza danych HapMap nie zostanie wypełniona danymi ze wszystkich populacji przodków i domieszek.
Pełne obliczenia ilorazu szans dla znaczących SNP z serii replikacji (Tabela 1), jak również dla wszystkich innych SNP są przedstawione w Tabeli 4 w Dodatku Uzupełniającym. Geny (i swoiste SNP) u białych pacjentów, które były istotnie związane ze sporadycznym ALS w obu seriach replikacyjnych, to FLJ10986 (rs6700125: iloraz szans dla posiadania genotypu u pacjentów vs. kontrole, 1,38; 95% przedział ufności [CI], 1,16 do 1,65, rs6690993: iloraz szans, 1,35, 95% CI, 1,13 do 1,62), PTPRT (rs13036957: iloraz szans, 1,28, 95% CI, 1,04 do 1,56), IL18RAP (rs3771150, iloraz szans, 1,21, 95% CI, 1,00 do 1,46), MAGI2 (rs757863: iloraz szans, 1,23; 95% CI, 1,04 do 1,46) i LOXHD1 (rs988213: iloraz szans, 1,31; 95% CI, 1,10 do 1,55)
[podobne: cogito siemianowice, komart knurów, siesta łomianki ]